中心实行校、院两级管理的主任负责制。中心主任由学校直接任命，全面主持中心的实验教学和实验室管理工作。副主任负责中心日常事务管理工作。实验中心专职教师和实验技术人员由中心主任聘任。中心人员管理模式为按需设岗，竞聘上岗，按岗考核。中心实行目标岗位责任制管理。

　　在东北师范大学制定完善的实验室管理制度的同时，中心根据具体情况制定了一系列实验教学管理制度和措施，保证了中心联合开放、高效共享的运行机制。对创新实验站和部分实验室实行完全开放式管理。

　　在实验教学管理体制上，实验中心按着全校各专业的课程计划和教学大纲的要求，统一由实验中心聘任教师和组织考核，实现了人力资源共享，保证了教学质量。实验中心的经费使用、实验材料采购、实验开放、仪器设备管理等，均由中心主任统筹安排，实现了人、财、物的统一管理。

　　实验课教学实行课程主持人和主讲教师负责制。